Хотя взгляды Фомы Аквинского получали все более господствующее положение в системе схоластического философствования, это означало, что они не подвергались критике. Главные возражения сконцентрированы на его концепции, которая примиряла рациональные познание и веру в откровение Священного писания. Так согласно Иоанну Дунсу Скоту (1266-1308), “богословие и философия независимы друг от друга”. На его взгляд, действия Бога настолько превосходят все попытки человека понять его замыслы, что веру в Бога нельзя подкреплять рациональными доказательствами. Акт веры является результатом не разума человека, а его воли. Поэтому сфера рациональных знаний может распространяться только на предметы светской деятельности человека, но совсем не на богопознание.

По мысли Уильяма Оккама (1285-1349), Бог есть “бесконечное существо, превосходящее бесконечное множество… вещей” и поэтому «относительно него ничего нельзя доказать с очевидностью и на основании явлений природы”. Продолжая традицию номинализма, У. Оккам решительно выступил против схоластического философствования, которое вместо познания реальных объектов материального мира занимало целые тома бесконечными рассуждениями о связи или отличии общий понятий. У. Оккам сформулировал свое известное положение, которое получило позднее название “бритва Оккама”. Оно гласит: “Сущностей не следует умножать без необходимости”. “Бритва Оккама стала лозунгом эмпирического познания природы, положила конец бесплодным мудрствованиям схоластической догматики.

Признавая волю, а не разум основной веры, поздние номиналисты У. Оккам, Николай из Отрекура и другие видели высший атрибут Бога не в его мудрости, а в его всемогуществе. Тем самым разум начал рассматриваться не как высшая принадлежность бытия, а как представление о бытии. Поэтому в номинализме форсируется противопоставление субъекта познания его объекту, а миропознание понимается как субъектно-объектное отношение. Гносеология выделяется как особая отрасль исследования и проводится мысль о том, что познание субъекта своего личного мышления и психологической жизни, как непосредственно данной ему, достовернее, чем познание физического мира, которое дано субъекту при помощи чувственного восприятия.

В то же время для поздних номиналистов опыт как непосредственное восприятие субъектом, с одной стороны, своего мышления и политической жизни, а с другой – физического мира начинает играть большую роль в процессе познания, чем отрешенные от опыта умозрительные конструкции бытия средневековой схоластики.

Таким образом, уже в недрах средневековой философий формируется новое отношения к опытному эмпирическому познанию, которое не было известно ни античной философии, ни ранней схоластике. Тем самым закладываются основы для формирования эмпирической философии Нового времени и одновременно основы для формирования идей Реформации.